法国敏白灵 http://www.jk100f.com/baidianfengzixun/dianxinbingli/30690.html导读
外泌体RNA(exosomal,exRNA)能够介导细胞间通讯,并作为生物标志物和治疗剂应用于临床,在癌症研究展现出广阔前景。
近年来,肿瘤循环miRNA标志物的研究如火如荼,但由于外泌体mRNA(exosomalmessengerRNA,emRNA)存在形式的不确定性,增加了emRNA研究的难度,使得目前emRNA的报道知之甚少。
去年,医院在《MolecularCancer》IF41.44发表“
CirculatingexosomalmRNAprofilingidentifiesnovelsignaturesforthedetectionofprostatecancer”
,通过mRNA-seq对前列腺癌(Prostatecancer,Pca)诊断的新型非侵入性生物标志物。研究建立了一种新的emRNA研究策略,为液体活检相关emRNA表达谱进行检测,并最终确定6个emRNA作为用于PCa诊断的新型非侵入性生物标志物。研究建立了一种新的emRNA研究策略,为液体活检研究提供了一种新的思路。
(DOI:10./s---z)
研究策略
图1研究思路
样本类型:血浆外泌体、组织
检测平台:mRNA-seq
检测策略:
1、IGV比对组织和外周血外泌体mRNA-seq测序数据中reads的覆盖度,确定变异丰度;
2、针对候选mRNA外显子区设计多对引物,挑选RT-PCR验证中具有特异性条带的引物,由于后续emRNA靶向验证引物。
结果展示
图2emRNA验证流程(左)和诊断模型ROC曲线(右)
研究通过mRNA-seq检测了31例PCa患者和17例良性前列腺增生(BHP)个体外周血来源的emRNA表达情况。与组织mRNA表达谱相比,两组数据显示出良好的一致性。
研究使用mRNA-seq平台对emRNA前期筛选发现,与BHP组相比,PCa组中共找到个显著上调的emRNA(p0.05,FC2),经LASSO回归进一步筛选共得到9个emRNA,以及另4个上调的emRNA,用于后续验证。
使用qPR-PCR对上述得到的13个emRNA扩大样本验证。首先,在10对PCa和BHP样本中对13个emRNA进行qRT-PCR初步验证,排除了3个与RNA-seq不一致的emRNA(TXK、ATM和TOX4)。接着,在76例PCa患者和84例BHP样本中对剩余10个emRNA进行进一步qRT-PCR验证,结果发现其中有4个emRNA(STK4、GRK5、RASSF5和FAMB)的表达在两组中并未检测到差异,进一步排除。
最后,对剩余6个emRNA(CDC42、IL32、MAX、NCF2、PDGFA和SRSF2)在例PCa患者和例BHP样本以及30例正常人中进一步验证,结果发现这6个emRNA无论相对于BHP组还是正常组,PCa组中表达均显著上调(p=10-4)。使用多因素逻辑回归对6个emRNA联合建模,该模型区分PCa患者和正常人(AUC=0.)以及PCa患者和BPH患者(AUC=0.)都展示出优异的诊断性能。
ABclonal
公司简介
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