微生物检验包括的项目主要有：1、食品类（如菌落总数、大肠菌群、霉菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌等项目）；2、健康类（如人体微生物检测、肠道微生物检测、妇科微生物检测等）3、农业类（如土壤微生物检测）；4、环境类（如水体微生物检测）；5、日化用品类（如蜡样芽孢菌）；6、一次性卫生用品、一次性医疗用品（真菌定性检测）；7、化妆品（如金黄色葡萄球菌）；8、水质（如粪大肠菌群）；9、消毒产品（如无菌试验）；10、原辅料/药品/药包材（如内毒素检测）；11、水产品、畜禽类产品、蛋类、动植物油脂等农产品（如肉毒梭菌）；12、饲料、饲料原粮、添加剂、饲用酶制剂和宠物食品（如嗜酸乳杆菌）。
1、食品类微生物检验项目
食品微生物检验项目主要有：菌落总数、大肠菌群计数、大肠杆菌计数、乳酸菌、霉菌计数、沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、空肠弯曲菌、酵母计数、霍乱弧菌、致病性链球菌、双岐杆菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌、阪崎肠杆菌等。
其中非致病菌为：菌落总数、大肠菌群计数、大肠杆菌计数、霉菌计数、乳酸菌、霉菌计数、酵母计数等
致病菌为：沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、空肠弯曲菌、致病性链球菌、双岐杆菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌等。
重点需要检测微生物的食品主要有：奶制品、罐头食品、调味品、蛋制品、淀粉类制品、发酵非发酵性豆制品、谷物类、冷冰饮品、糖果、保健品、婴幼儿食品、直接入口食品以及饮用天然矿泉水等。
基本判断：一般食品中活菌数达到cfu.g时，则可认为食品处于初期腐败阶段。
2、健康类微生物检验项目
人体健康类微生物检验项目主要有：人体微生物检测（如真菌、细菌等）、肠道微生物检测（如大肠杆菌、大肠菌、放线菌等）、妇科微生物检测项目（白带常规检查、支原体和衣原体检查、淋球菌检查等）。
3、农业类微生物检验项目
农业类微生物检验项目主要是针对土壤（适应于农田、蔬菜种植地、果园、牧地、林场等）的微生物检验。
主要检验项目有：菌落总数、大肠菌群、大肠杆菌、霉菌、酵母菌等各类常规微生物、肠杆菌科、嗜渗酵母、粪链球菌、粪大肠菌群、肠杆菌属等非常规微生、微生物量碳、微生物量氮、生物多样性等、脲酶、过氧化氢酶、磷酸酶、蔗糖酶、纤维素酶、蛋白酶等、有机质、胡敏酸、富里酸、腐殖质等。
4、环境类微生物检验项目
环境类微生物检验主要是针对特点环境的微生物检验，比如城市用水水库的水质微生物检验，某种特殊空间的空气微生物检验。
主要的检验项目：细菌总数、大肠杆菌、总大肠菌群、耐热大肠菌群、铜绿假单胞菌、军团菌、大肠埃希氏菌、致病菌等。
5、日化用品类微生物检验项目
日化用品微生物检测项目：蜡样芽孢菌、芽孢菌总数、菌落总数、粪大肠菌群、大肠菌群、大肠杆菌、绿脓杆菌、金黄色葡萄球菌、霉菌和酵母菌、沙门氏菌、志贺氏菌、粪链球菌等。
6、一次性卫生用品、一次性医疗用品微生物检验项目
微生物检验主要项目有：细菌总数、大肠菌群、绿脓杆菌、金黄色葡萄球菌、溶血性球链菌、真菌菌落总数、真菌定性检测、杀菌性能检测、溶出性抗（抑）菌性能、抑菌性能等。
7、化妆品类微生物检验项目
微生物主要检测项目：菌落总数、霉菌和酵母菌总数、耐热大肠菌群、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、防腐挑战测试等。
8、水质微生物检验项目
水质微生物检验项目主要有：菌落总数、大肠菌群、粪链球菌、铜绿假单胞菌、产气荚膜梭菌、溴酸盐、溴化物、霉菌和酵母、致病菌、军团菌等。
9、消毒产品微生物检验项目
主要检测项目有：微生物杀灭试验、模拟现场与现场试验、抗（抑）菌试验、微生物污染指标、稳定性测试、无菌试验、产品启用后使用有效期试验等。
10、原辅料/药品/药包材微生物检验项目
微生物主要检测项目：微生物限度（大肠埃希菌、沙门氏菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、大肠菌群及梭菌）检查及方法验证、无菌检查及方法验证、细菌内毒素检查、培养基验证等
11、水产品、畜禽类产品、蛋类、动植物油脂等农产品类微生物检验项目
微生物主要检测项目：菌落总数、大肠菌群、霉菌、酵母菌、沙门氏菌、志贺氏菌、副溶血性弧菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、致泻大肠埃希氏菌、空肠弯曲菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、产气荚膜梭菌、肉毒梭菌、蜡样芽胞杆菌等。
12、饲料、饲料原粮、添加剂、饲用酶制剂和宠物食品类微生物检验项目
微生物主要检测项目有：有效活菌数：地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、两歧双歧杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、乳酸肠球菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、乳酸乳杆菌等。
主要的检测方法
1.普通培养法，又称国标法。
2.仪器法检测法。
3.核酸检测法(PCR)。
4.快速检测法（主要包括：免疫磁珠、酶联免疫试剂盒、金标检测卡等）。