1、霉菌和真菌
霉菌在谷物或食品中生长繁殖产生有毒的代谢产物，人和动物摄入含有这种毒素物质时可能发生霉菌毒素中毒症。有些霉菌的有毒代谢产物会引起某种急性或慢性中毒，特别是有些霉菌具有强烈的致癌性。
（1）中毒的发生主要通过被霉菌污染的食物。
（2）被霉菌毒素污染的食品和粮食用一般烹调方法加热处理不能将其破坏去除。真菌的检测也是因为真菌产生真菌毒素的缘故
2、大肠菌群
大肠菌群常被作为人畜粪便污染的指标。因为水和食品被大肠菌群污染后，就有可能存在病原菌污染，故此作为粪便污染指标来评价水和食品的卫生质量。
3、细菌菌落总数
菌落总数被作为判定食品污染程度的标志。
一个菌落即代表一个单细胞；菌落总数的测定又称为活菌计数；我们在肉汁营养琼脂上生长的是嗜中温需氧性菌的菌落总数。
致病菌（Pathogenicbacteria)能引起疾病的微生物称为病原微生物或致病菌。病原微生物包括细菌、病毒、螺旋体、立克次氏体、衣原体、支原体、真菌及放线菌等。一般所说的致病菌指的是病原微生物中的细菌。细菌的致病性与其毒力、侵入数量及侵入门户有关。虽然绝大多数细菌是无害甚至有益的，但是相当大一部分可以致病。条件致病菌只在特定条件下致病，如有伤口可以允许细菌进入血液，或者免疫力降低时。例如，金黄色葡萄球菌和链球菌也是正常菌群，常可以存在于体表皮肤，鼻腔而不引起疾病，但可以潜在引起皮肤感染，肺炎（pneumonia），脑膜炎（meningitis）败血症（sepsis)\
菌片的制备程序
1滴染法染菌时，先用浊度计测定的菌悬液浓度，调至含菌量为1～5×cfu/ml将经灭菌的载体片平铺于无菌平皿内，菌液滴加量每片为10μl。用10μl移液器接灭菌塑料吸头，滴染菌液，并用接种环涂匀整个载体表面。滴染菌液后，染菌载体可置37℃温箱内烤干（约20min～30min），或置室温下自然阴干后再使用。
2每个菌片的染菌量，即回收菌数，按活菌培养计数所得结果，应为5×cfu/片～5×cfu/片。
3配制菌悬液和制备菌片时，保持环境的洁净和安静，严格按无菌要求操作，以防污染杂菌，影响随后杀菌试验的结果。
培养基
1、高氏一号培养基：K2HPO4﹒3H2O0.5g，可溶性淀粉20g，KNO41g,MgSO4﹒7H2O0.5g，FeSO4﹒7H2O0.1g，NaCl0.5g，H2Oml。
2、种子培养基：葡萄糖5g，淀粉1.5g，酵母粉2.5g，CaCl20.1g，KNO31g，K2HPO40.5g，MgSO4﹒7H2O0.5g，NaCl
0.5g，FeSO4﹒7H2O0.01g，H2Oml，pH7.2-7.4
3、发酵培养基：黄豆饼粉10.0g，淀粉30g，葡萄糖50g，酵母粉5g，玉米浆15g，CaCl23.0g，H2Oml，pH7.0
4、LB培养基（液体）：蛋白胨10g，酵母粉5g，NaCl10g，H2Oml，pH7.0
5、LB培养基（固体）：蛋白胨10g，酵母粉5g，NaCl10g，琼脂16g，H2Oml，pH7.0