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TUhjnbcbe - 2024/2/25 16:11:00
法国敏白灵 http://www.jk100f.com/baidianfengzixun/dianxinbingli/30690.html

导读

外泌体RNA(exosomal,exRNA)能够介导细胞间通讯,并作为生物标志物和治疗剂应用于临床,在癌症研究展现出广阔前景。

近年来,肿瘤循环miRNA标志物的研究如火如荼,但由于外泌体mRNA(exosomalmessengerRNA,emRNA)存在形式的不确定性,增加了emRNA研究的难度,使得目前emRNA的报道知之甚少。

去年,医院在《MolecularCancer》IF41.44发表“

CirculatingexosomalmRNAprofilingidentifiesnovelsignaturesforthedetectionofprostatecancer”

,通过mRNA-seq对前列腺癌(Prostatecancer,Pca)诊断的新型非侵入性生物标志物。研究建立了一种新的emRNA研究策略,为液体活检相关emRNA表达谱进行检测,并最终确定6个emRNA作为用于PCa诊断的新型非侵入性生物标志物。研究建立了一种新的emRNA研究策略,为液体活检研究提供了一种新的思路。

(DOI:10./s---z)

研究策略

图1研究思路

样本类型:血浆外泌体、组织

检测平台:mRNA-seq

检测策略:

1、IGV比对组织和外周血外泌体mRNA-seq测序数据中reads的覆盖度,确定变异丰度;

2、针对候选mRNA外显子区设计多对引物,挑选RT-PCR验证中具有特异性条带的引物,由于后续emRNA靶向验证引物。

结果展示

图2emRNA验证流程(左)和诊断模型ROC曲线(右)

研究通过mRNA-seq检测了31例PCa患者和17例良性前列腺增生(BHP)个体外周血来源的emRNA表达情况。与组织mRNA表达谱相比,两组数据显示出良好的一致性。

研究使用mRNA-seq平台对emRNA前期筛选发现,与BHP组相比,PCa组中共找到个显著上调的emRNA(p0.05,FC2),经LASSO回归进一步筛选共得到9个emRNA,以及另4个上调的emRNA,用于后续验证。

使用qPR-PCR对上述得到的13个emRNA扩大样本验证。首先,在10对PCa和BHP样本中对13个emRNA进行qRT-PCR初步验证,排除了3个与RNA-seq不一致的emRNA(TXK、ATM和TOX4)。接着,在76例PCa患者和84例BHP样本中对剩余10个emRNA进行进一步qRT-PCR验证,结果发现其中有4个emRNA(STK4、GRK5、RASSF5和FAMB)的表达在两组中并未检测到差异,进一步排除。

最后,对剩余6个emRNA(CDC42、IL32、MAX、NCF2、PDGFA和SRSF2)在例PCa患者和例BHP样本以及30例正常人中进一步验证,结果发现这6个emRNA无论相对于BHP组还是正常组,PCa组中表达均显著上调(p=10-4)。使用多因素逻辑回归对6个emRNA联合建模,该模型区分PCa患者和正常人(AUC=0.)以及PCa患者和BPH患者(AUC=0.)都展示出优异的诊断性能。

ABclonal

公司简介

爱博泰克生物科技有限公司(ABclonalTechnologyCo.,Ltd.)成立于年,作为生命科学解决方案的提供商,旨在为更多的科研工作者、IVD企业、新技术开发企业提供抗体、酶、NGS产品和蛋白制品等全套解决方案。

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